Het analyse traject van eDNA

Het gehele analysetraject voor de detective van organismen m.b.v. eDNA bestaat uit drie onderdelen. Het eerste onderdeel is de monstername, het tweede deel bestaat uit de isolatie van het eDNA uit het watermonster en het laatste deel is de daadwerkelijk bepaling gevolgd door de rapportage. Voor de monstername en de juiste manier van verzenden is een speciaal protocol beschikbaar. Deze kan op verzoek toegezonden worden.

PrijzenMonstername
Eén van de belangrijkste onderdelen van het onderzoek is de monstername. Een belangrijk onderdeel van de monstername is de bepaling van de plaats van bemonstering om de kans zo groot mogelijk te maken om DNA te vangen van het te aantonen organisme. Hierbij dient er rekening gehouden te worden de ecologische wensen van het te bepalen organisme. De detectiekans van een soort enorm vergroot kan worden door meerdere monsters op verschillende plaatsen in één waterlichaam te nemen. DNA wordt snel afgebroken (binnen 2 dagen bij een watertemperatuur van 20 graden Celcius). Het is uitermate belangrijk dat de genomen monsters zo snel mogelijk gekoeld en ingevroren worden.

verzendenVerzenden monsters
Voor het verzenden naar het lab van Sylphium molecular ecology dienen de monsters eerst volledig ingevroren te worden, alvorens ze verstuurd worden via de reguliere post. Er zijn speciale potten beschikbaar bij Sylphium molecular ecology om de monsters te verzamelen en in bevroren toestand te verzenden naar het lab.

analyse trajectIsolatie van het eDNA
De methode van isolatie is afhankelijk van het volume van het monster en het type organisme dat aangetoond gaat te worden. In de meeste gevallen zal er gekozen worden voor filtratie van het water gevolgd door het chemisch/enzymatisch vrijmaken van het DNA uit het gefilterde materiaal. Nadat het DNA is vrijgemaakt wordt deze verder opgezuiverd uit het mengsel en opgelost in een buffer dat ervoor zorgt dat het DNA stabiel bewaard kan worden voor verder onderzoek.

 Catenary SysDe bepaling
Als het DNA geïsoleerd is, zal de bepaling plaatsvinden op het lab. Hierbij wordt gebruikgemaakt van de PCR techniek. Dit houdt in dat een soort specifiek stukje DNA vermeerderd wordt uit het eDNA. Afhankelijk van de gekozen analysemethode zal deze via electroforese, een specifieke probe (qPCR) of via next gen sequencing (metabarcoding) bepaald worden.