Waterlaboratoria en ecologische adviesbureaus kunnen nu zelf DNA-analyses uitvoeren in hun eigen (in te richten) laboratorium. Sylphium molecular ecology heeft hiervoor kits ontwikkeld. Het zelf uitvoeren heeft als voordeel dat u het onderzoek zelf kunt plannen op het door u gewenste tijdstip en dat de resultaten sneller beschikbaar zijn. Bijkomend voordeel is dat u volledige controle heeft over het gehele proces van bemonstering tot rapportage. Zelf de analyses uitvoeren leidt ook tot een grote kostenreductie van eDNA-bepalingen.
Hoe werkt het?
Sylphium molecular ecology heeft verschillende kits ontwikkeld om met zo min mogelijk handelingen de meest gevoelige en betrouwbare eDNA-bepalingen te kunnen uitvoeren. Met deze kits kan het hele proces van bemonstering, eDNA-extractie tot de qPCR-analyse worden uitgevoerd. Het werk met deze kits moet worden uitgevoerd in een laboratorium dat speciaal is ingericht voor eDNA-werk. Sylphium geeft volledige ondersteuning bij het opzetten van een dergelijk eDNA-lab. Als u geïnteresseerd bent in deze cursussen en ondersteuning, neem dan contact met ons op.
Opzetten van een eDNA laboratorium
Door de extreem hoge gevoeligheid van de qPCR-methode kan de kleinste DNA verontreiniging al een groot probleem zijn. Positieve controles en amplificatieproducten van de PCR (post-PCR) bevatten grote hoeveelheden specifieke DNA-fragmenten en zijn daarom belangrijke potentiële bronnen van besmetting. Het is belangrijk om de laboratoriumactiviteiten zo te organiseren dat het risico op besmetting wordt geminimaliseerd
Om de kans op besmetting bij het gebruik van PCR te minimaliseren, is het advies om twee fysiek gescheiden ruimtes te gebruiken:
Ruimte voor de voorbereiding van reagentia
De ruimte voor het bereiden van reagentia wordt gebruikt voor de bereiding en opslag van PCR-reagentia. In deze ruimte wordt de PCR-mix samengesteld en verdeeld over de reactiecupjes van een PCR-plaat. Na het vullen wordt de plaat afgedekt en naar de monstervoorbereidingsruimte getransporteerd.
Monster voorbereidingsruimte
De monstervoorbereidingsruimte is bedoeld voor het extraheren van DNA uit monsters en het toevoegen van positieve en negatieve controles aan de qPCR-mix. Het geëxtraheerde DNA wordt in deze ruimte ook toegevoegd aan de qPCR-mix. Voorzichtigheid is geboden bij het toevoegen van de positieve controle aan de mix. Een PCR-kast (PCR work station) met een UV-lamp kan hiervoor gebruikt worden om verspreiding van de positieve controle en daarmee contaminaties te voorkomen. De PCR-cupjes worden afgesloten zodra het DNA is toegevoegd en getransporteerd naar de PCR-apparatuur, die bij voorkeur buiten het laboratorium is geplaatst.
Hoewel twee afzonderlijke ruimtes de voorkeur hebben, kunnen eDNA-extractie en bereiding van PCR-reagentia ook in een enkele ruimte worden uitgevoerd. In plaats daarvan kunnen twee PCR-kasten met UV-lampen worden gebruikt. Deze kasten zijn te beschouwen als aparte werkruimtes.
trainingen/cursussen
Er worden specifieke trainingen/cursussen gegeven om zowel de theorie alsook de verschillende eDNA-technologieën te kunnen doorgronden en beheersen, met als doel een gegarandeerde en volledige implementatie van de verschillende technieken in uw laboratorium.
Benodigde apparatuur
- UV-werkkast (en) met UV-licht
- qPCR-apparaat
- Centrifuges voor buizen van 2 ml en 13 ml
- Diepvries
- pipetsets (2x)
- Incubator