eDNA onderzoek laten uitvoeren door Sylphium zorgt ervoor dat betrouwbare resultaten beschikbaar komen voor uw instantie of bedrijf zonder noodzakelijke kennis van moleculair ecologische technieken. De bemonstering wordt door u zelf uitgevoerd en de verkregen monsters worden opgestuurd naar het laboratorium van Sylphium. De analyses van Sylphium zijn gevalideerd, gepubliceerd en worden uitgevoerd volgens strikte regels die zijn opgesteld aan de hand van de NPR 7394 (Algemene principes bij kwaliteitsborging van moleculairbiologisch onderzoek voor micro-organismen en environmental DNA). Een complete lijst doelsoorten waaruit gekozen kan worden voor onderzoek staat hier.
Sylphium heeft een eigen bemonsteringssysteem ontwikkeld waarmee foutloos en betrouwbaar bemonsterd kan worden. De basis van dit bemonsteringsysteem zijn eDNA Dual filter capsules. Voor grond en keutelmonsters zijn er eveneens speciale bemonsteringsmaterialen beschikbaar. Alle capsules en materialen voldoen eveneens aan de eisen in NPR 7394.
Stappenplan eDNA onderzoek
| Stappen: | Beschrijving: | Uitgevoerd door: |
| 1 | Keuze type eDNA onderzoek | Opdrachtgever (in overleg Sylphium) |
| 2 | Bemonsteringstrategie | Opdrachtgever (in overleg Sylphium) |
| 3 | Bemonsteren | Opdrachtgever |
| 4 | Opsturen naar het lab | Opdrachtgever |
| 5 | Analyse | Sylphium |
| 6 | Opstellen analyserapport | Sylphium |
| 7 | Eindrapportage | Opdrachtgever |
Hieronder staan alle stappen verder uitgelegd.
Keuze type DNA-onderzoek
Tegenwoordig zijn er vele mogelijkheden om met DNA-technieken soorten snel, betrouwbaar en gevoelig te detecteren. Welk type onderzoek nodig is om een bepaalde vraag te kunnen beantwoorden is vaak niet direct duidelijk. Onderstaand tabel geeft een overzicht welk type onderzoek het beste past bij de vraagstelling.
| Soort specifiek | Soort identificatie | Soortenlijst opstellen | |
| Beschrijving | Een bepaalde soort heel gevoelig kwantitatief of kwalitatief aantonen. | Soort identificeren op basis van materiaal van één individu. | Semi-kwantitatief een soortenlijst genereren van meest voorkomende soorten in een bepaalde groep. |
| Geschikt voor | Vissen, amfibieën, zoogdieren, reptielen, ongewervelden, ziekteverwekkers, planten, bacteriën, | Vissen, amfibieën, zoogdieren, reptielen en grotere ongewervelden | Vissen, bacteriën en eukaryoten |
| Type monster | Water, grond, weefselresten en uitwerpselen | Weefselresten en uitwerpselen | Water, grond en uitwerpselen |
| Analyse | qPCR | Barcoding | Metabarcoding |
| Doorlooptijd Sylphium | Binnen 10 werkdagen (spoed mogelijk) | 10 werkdagen | 3 maanden (sneller vaak mogelijk) |
Bemonsteringsstrategie
De eDNA analysis van Sylphium hebben de hoogst haalbare gevoeligheid (1 molecuul per analyse). De bemonstering heeft dan ook de grootste invloed op de trefkans van de methode.
Voor een maximale trefkans, zonder kruisbesmetting met eDNA tussen monsters en een goede registratie van monsters dienen de eDNA bemonsteringsregels in acht worden genomen. Zie sectie monsterneming en de handleiding van de monstername set.
Monsterneming
Water, uitwerpselen en grond kunnen worden bemonsterd om specifieke doelsoorten aan te tonen of om de soortensamenstelling te bepalen. Sylphium moleculaire ecologie heeft samplesets ontwikkeld voor verschillende soorten samples. Na bemonstering worden de monsters bewaard in een speciale buffer en kunnen ze bij kamertemperatuur worden bewaard. Zie sectie monsterneming voor meer informatie.
Analyse
De analyse bestaat uit 3 onderdelen. Het eerste deel is de eDNA-extractie uit het monster.
Schoon eDNA is vereist voor betrouwbare eDNA-tests. Sylphium heeft hiervoor een speciale eDNA-extractiemethode ontwikkeld. Het tweede deel is de kwaliteitscontrole van het geïsoleerd eDNA. Dit wordt gedaan met controle DNA wat toegevoegd is aan de conserveringsbuffer van de monsterset. Met dit controle DNA kan gecontroleerd worden op kwaliteit van conservering, eDNA extractie efficiëntie en de aanwezigheid van analyse-verstorende stoffen in het eDNA. Het laatste onderdeel is de daadwerkelijk analyse op de doelsoort(en). Sylphium biedt een breed scala aan ecologische tests aan op basis van eDNA. Deze tests worden als kit en als service aangeboden. Bekijk hier de complete lijst. Alle tests zijn gevalideerd volgens strikte regels die zijn opgesteld aan de hand van de NPR9373 om de kwaliteit van alle door Sylphium ontwikkelde en op de markt gebrachte DNA-analyses en kits te kunnen garanderen.
Rapportage
De resultaten worden in een overzichtelijk rapport aangeleverd, waarin eveneens alle controles en validaties van de analysemethode zijn opgenomen (Voorbeeld analyserapport).