Een van de belangrijkste onderdelen van een eDNA analyse is de monsterneming. Met de juiste eDNA monsternemingstrategie kan een trefkans van 95% behaald worden. Sylphium heeft hiervoor materialen ontwikkeld op basis van de aanbevelingen in NPR 7394 waarmee snel en zeer betrouwbaar monsters genomen kunnen worden.
eDNA monsternemingstrategie
De eDNA analysis van Sylphium hebben de hoogst haalbare gevoeligheid (1 molecuul per analyse). eDNA monsternemingstrategie heeft dan ook de grootste invloed op de trefkans van de methode.
Voor een maximale trefkans, zonder kruisbesmetting met eDNA tussen monsters en een goede registratie van monsters dienen de volgende basis bemonsteringsregels (gebaseerd op literatuur en experimenten) in acht te worden genomen:
• Absoluut minimaal monstervolume van 0,75 liter. eDNA komt in lage concentraties voor in het water, een groot volume is dan ook noodzakelijk. Mocht de eDNA Dual Filter Capsule verstopt raken voordat het minimale monstervolume is bereikt, kan er een tweede eDNA Dual Filter Capsules gebruikt worden en later op het lab samengevoegd worden en als één monster worden geanalyseerd.
• Elke 300 meter moet een nieuw monster genomen worden. Verspreiding van eDNA in water is beperkt. Daarom is het nodig om per 300 meter een nieuw monster te plannen.
• Een monster bestaat uit deelmonsters. Bij voorkeur om de 10 meter langs de oever genomen om de afstand tussen twee monsters te overbruggen. Deelmonsters van 60 ml kunnen makkelijk met de monsterset genomen worden en direct worden gefiltreerd,
• Bemonster in de voorkeursniche. Monsters dienen te worden genomen in de voorkeursniche om de trefkans zo groot mogelijk te maken.
• Bemonster in het juiste seizoen. Veel organismen zijn niet de hele jaa aanwezig in het water of op een bepaalde plek. Hiermee dient rekening gehouden worden tijdens de bemonstering,
In de handleiding behorende bij de monsterset zijn meer aanbevelingen en informatie te vinden.
Monsternameset
Sylphium molecular ecology heeft een speciale monsternameset samengesteld voor het bemonsteren van waterlichamen voor eDNA bepalingen. Watermonsters worden op locatie gefiltreerd over een filterunit. Deze methode heeft als voordeel dat de kans op contaminatie tot een minimum beperkt wordt en dat er voor zowel monstername als filtratie relatief weinig materiaal mee het veld in genomen hoeft te worden. De monsterset bevat naast een eDNA Dual Filter ook een 60 ml injectiespuit. Met deze spuit kan de monsternemer een watermonster nemen, zonder zelf het water aan te raken. Vervolgens wordt het filterunit op de injectiespuit geplaatst en wordt het water over het filterunit geperst. Een vacuümpomp is hierbij niet nodig. Na het toevoegen van de conserveringsvloeistof en het afsluiten van het filterunit met meegeleverde dopjes, blijft het monster gedurende lange tijd (enkele weken tot een paar maanden) stabiel, zonderkoeling. Het filterunit kan vervolgens per post verstuurd worden naar het lab van Sylphium molecular ecology voor verdere analyse. Monstersets kunnen besteld worden in de webshop. De prijs van de monstersets worden in mindering gebracht op de analyseprijs.
Monsterhengel
Voor de bemonstering van moeilijk bereikbare plaatsen, bijvoorbeeld begroeide en diepe oevers, heeft Sylphium molecular ecology een speciale monsterhengel ontwikkeld. In deze hengel wordt de 60 ml steriele wegwerp injectiespuit (uit de monsterset) geplaatst, waarna het water opgezogen kan worden. Door gebruik te maken van deze hengel zijn geen lieslaarzen, waardpakken, een boot of andere hulpmiddelen nodig om watermonsters te nemen. Dit voorkomt DNA contaminatie tussen verschillende bemonsteringslocaties en versneld de bemonsteringstijd aanzienlijk. Na de monstername kan de injectiespuit vervangen worden en is de hengel weer klaar voor gebruik. Deze monsterhengel is los verkrijgbaar bij Sylphium molecular ecology. De monsterhengel kan besteld worden in de webshop.
Verzenden monsters
Na monstername wordt het gefiltreerde watermonster in het eDNA Dual Filter ongekoeld verzonden naar het lab van Sylphium molecular ecology. Het eDNA Dual Filter wordt voor verzending teruggedaan in het zakje van het monsternamesetje met een uniek monsternummer. Aan de hand van dit nummer kan het monster achteraf geïdentificeerd worden. De monsters kunnen verzonden worden (aangetekend) via Postnl naar:
Sylphium molecular ecology
postbus 11107
9700 CC Groningen
Rapportage
Sylphium molecular ecology stelt een analyse rapport op, waarin resultaten, conclusies en kwaliteitswaarborging van de daadwerkelijke analyse worden vermeld. Deze zal direct na afronding van de analyse via e-mail verzonden worden naar de opdrachtgever.